堆肥などによる土作りを行い、播種・植付け前2年以上及び栽培中に(多年生作物の場合は収穫前3年以上)原則として化学的肥料及び農薬は使用しない。また、遺伝子組換え種苗は使用しない。そんな畑で収穫した農作物を加工したものを、有機加工食品と呼びます。 (たとえば、収穫したお茶の葉だけであれば有機農産物、お茶の葉をお茶として飲用できるように火入れや揉みなどの加工を施したものを有機加工食品と呼びます)
この条件に適した農地や農作物、工場や機械、人員管理や入荷出荷管理など、定期的に有機JAS認証機関の検査や講習を受けて適切な場合に「有機JAS認定」の生産者・工場として認証されます。
認証を受けるためには高額の費用がかかりますので、生産量が少ない農作物の場合は、販売価格に価格が反映されるのを嫌って、基準値はクリアしていても、意図的に認証を受けていないケースも多くなっています。